常见问题
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1. 我想用学校的超算集群做计算,从哪里开始?

请访问超算中心网站:hpc.。简单来讲分为如下几个步骤:1)申请账号;2)安装登录软件;3)准备数据;4)提交作业

2. 如何向集群上传和下载文件?

1)安装xshell软件;2)安装xftp软件;3)在xshell中登录集群后,在快捷菜单中打开xftp软件进行文件的上传和下载。

3. 如何在本地计算机上安装Matlab?

请访问超算中心网站中的超算资源页面,其中商业软件列表中有Matlab安装方法信息。

4. pbs脚本里面有哪些内容?

主要是申请资源的语句和运行程序的语句,下面是简单示例:

#PBS -N hello

#PBS -l nodes=4:ppn=8 (资源:4个节点,每个节点8核,这里最多20核)

#PBS -j oe

#PBS -q blades (队列)

#PBS -l walltime=72:0:0 (时长)

……

MPIRUN="mpiexec.hydra -np $NPROCS -ppn $PPROCS -f $PBS_O_WORKDIR/hostfile "

JOBCMD="./hello"

{ time $MPIRUN $JOBCMD; } >$PBS_O_WORKDIR/output_$JOBID.log 2>&1

……

5. 我的计算程序在台式机和笔记本上运行很慢,在超算集群上运行是不是就会加快?

简单的结论是不一定,需要具体问题具体分析。串行程序加速效果不会明显,并行程序如果可以多核并行,性能可能会有所提升。

6. 怎么向超算集群上提交作业?

首先写一个作业脚本(如myjob.pbs),脚本基本内容参考问题4。然后使用qsub myjob命令提交。

7. 我原来都是在windows上操作软件,不会用Linux,我现在想学习一些基本的Linux操作,满足超算上机需要,应该学哪些内容?

首先了解一下Linux的目录结构,Linux的目录以树形组织。

其次学习几个常用的Linux命令,主要是:

pwd –查看当前所在目录

cd –改变目录

cp –复制文件

rm -删除文件

mv –文件重命名

mkdir –创建目录

最后学习作业管理相关的命令:

qsub –提交作业

qdel –删除作业

qstat –查看作业状态

8. 哪里能找到培训课件?

超算中心网站:hpc.,用户培训版块下面有培训资料和课件。

9. 我想在自己的用户目录下安装程序,可以吗?

可以。

10. 我在安装程序时遇到问题了,从哪里能获得帮助?

先用好搜索引擎,bing的国际版是首选,中文材料baidu也不错。然后可以在凌云超算用户群(QQ: 274328200)里提出问题,群里有经验的老师或同学可以给与解答。最后可以联系超算中心的老师帮助解决。

11. 我在哪里能找到更多的pbs脚本示例?

超算集群的/public/software/pbs_examples/目录下对应各种软件的pbs文件供参考。

12. 编译开源软件时有时会遇到类似问题,undefined reference to `****',怎么解决?

这种编译错误的原因是代码中用到的函数没有找到定义,一般的解决方法是在编译时指定对应函数实现的库,至于需要哪些库则根据错误提示利用搜索引擎进行查询。

13. 超算上的编译器如何使用?

编译器安装路径为:/public/software/compiler/,其中包括intel,gcc, pgi, cuda编译器。编译器的环境变量脚本在/public/software/profile.d/目录下,比如如果要使用Intel 2017版的编译器,则使用下面语句设定环境变量。

source /public/software/profile.d/compiler_intel-composer_xe_2017.u1.sh

14. 我校购买的正版软件都包含哪些模块,我想确认一下我要使用的模块是否包含在内?

在超算中心主页->超算资源->商业软件页面下面有各个正版软件包含的模块一览,从中可以确认要使用的模块是否购买。

15. 如何查询计算账单?

请到计费系统中查询,网址是

16. 超算怎么收费?

简单来说,常用的刀片节点的收费标准是0.05元/核/时。

详细来说,每种计算类型的节点收费标准各不相同,刀片节点按时计费,胖节点可以按时计费或租用计费,GPU/MIC节点按租期计费。具体的收费方法请参考《大连理工大学高性能计算服务收费标准》。

17. 我的程序在运行中出现“segmentation fault”或类似意外错误而退出,该如何解决?

“segmentation fault”是由于程序代码访问内存异常造成,常见于C/C++程序代码中使用指针或数组访存操作。有些是访问了已经释放的内存,有些是访问了未经申请的内存,有些是数组越界访问,有些是使用的库版本不兼容,等等,原因各不相同。

一般的解决方法是,如果有源代码,则使用调试工具进行单步跟踪调试,逐步定位访存异常的代码,并逐步回溯,直到找到出现错误的原因。如果没有源代码,则需要使用内核转储的分析工具对转储文件进行分析,分析工具的具体使用方法可到网上查找。

18. 我想申请超算账号,在哪里可以申请?

教师在园门户(portal.)办事大厅使用“超算账号申请”服务进行超算平台用户账号的申请。

19. 是否有上机试用相关政策?

自2021年5月1日起,新开账号有2000核时的试用机时,入账于“奖励机时”,按奖励机时相关规则管理和使用。

20. 我可以在超算上自行安装程序吗?

超算用户可以在自己目录下安装程序。

21. 运行qsub命令后出现如下提示:qsub: submit error(Queue is not enabled MSG=queue is disabled: user testuser@login1, queue single),是什么原因

这是因为此时single队列尚未启动,不能向该队列中提交任务,请向其他队列提交任务。

22. 运行qsub命令后出现如下提示:qsub: submit error(Unauthorized Request MSG=user  ACL rejected the submitting user: user testuser@login1, queue single),是什么原因

这是因为testuser用户没有向single队列提交任务的权限,请向其他队列提交任务。如果需要向该队列提交任务,请与超算部联系增加权限。

23. 运行qsub命令后出现如下提示qsub: script is written in DOS/Windows text format,怎样解决?

这是因为pbs脚本文件需要unix格式,而当前的文件格式是windows格式,需要在集群上运行dos2unix命令进行转换。